于謙薛祿等人來到湖廣后一個月才基本摸清當地比較復雜的軍政情況。他們發現澧州以東駐扎有覃有勝的岳州兵兩千多人；且打探清楚了澧州、石門、慈利等三縣的叛軍部署，實際上比較脆弱。此時三縣僅有“叛軍”主力三百人，另在當地征募了近千人的農兵，那些農兵幾乎沒有形成戰斗力，還在訓練；主要兵力都駐扎在澧州，可能他們也察覺到了東部官軍的行蹤。
三縣距離叛軍的統治中心辰州較遠，難以得到增援。雖然這個時候薛祿還沒準備好對叛軍作戰，從各地動員調兵也未聚攏；但于謙仍建議讓他先收復三縣，開個好頭。
薛祿當即下令正在護送火炮輜重的馬岱率兩千人離開水路，和覃有勝合兵一處，即刻突襲澧州，殲滅其守軍主力。
幾天之后，三縣兵馬的指揮孔武陽派快馬向辰州告急，旋即被圍在澧州。覃有勝馬岱軍四千多人，以絕對優勢兵力對澧州各門發動進攻，孔武陽抵抗了三天，城門和城墻都被損壞嚴重，將士傷亡慘重疲憊不堪。
黃昏時分，官軍派了使者入城勸降。孔武陽召集隊正總旗官商議，認為火藥箭矢告罄、城池守不住了，也等不到援軍到來，再抵抗下去毫無意義。
“很多兄弟家有老小，我希望大伙至少能留一條性命，活下去。”孔武陽誠懇地對眾將說。
眾人沉默良久，終于有人說了一句：“官府會怎樣處置咱們？”
孔武陽道：“按理他們會有司法定罪，可能有一些人會被判死罪，一些人關大牢，大部分人興許會被流放戍邊罷。但愿兄弟們將來某一天還能在家鄉見面。”
其中的武將不少是建文余臣，聽罷不禁神情黯然。家鄉在何方？武陵大山中么，或許真正的家鄉應該在南直隸。
因無人反對，孔武陽隨后見了來使，答應他們在次日早晨繳械投降。當晚孔武陽下令燒毀了所有和辰州來往的機密信件和卷宗，炸毀了火槍一百多枝、炮兩門。
次日凌晨，朱雀軍三縣守軍最后一次奏響軍樂，將城頭已經殘破不堪的軍旗緩緩降下，全軍解除了兵器。老兵在軍樂中痛哭失聲，農兵因剛加入朱雀軍仍茫然不已，他們不久大部分只是澧州各地的農民。
南門開啟，幸存的朱雀軍官兵約一千人手無寸鐵從城門出來，準備向官兵投降。城外是覃有勝馬岱的大批人馬嚴陣以待。朱雀軍指揮孔武陽等人騎馬上前，送上佩劍和軍旗表示投降。馬岱因為在三天的攻城戰中也傷亡慘重，頓時大怒，當場要孔武陽跪下磕頭羞辱他。不料覃有勝卻勸阻下來，好言道接受叛軍投降，讓孔武陽約束將士聽從安置，不得混亂云云。
孔武陽被要求率軍到甕城集結。甕城里一旦前后的門關閉，城上步兵防守，就等于進了死胡同。但他們既然已經投降，只能答應要求，孔武陽下令各隊進了甕城，然后被關在了里面。
及至下午，官軍用吊籃送了吃食下來，將士稍安。
覃有勝向正在常德督促軍運的總兵官薛祿告捷，信中提及了攻城戰慘烈折損了不少人馬，叛軍投降時軍紀整肅，毀掉了火器信件等事。薛祿心里有個崇拜的偶像，便是開國大將常遇春，常將軍一聲戎馬所向披靡、敵軍無不膽寒，但此人嗜殺；薛祿也不例外，他認為善戰的大將都是白骨堆成，正所謂一將功成萬骨枯。于是薛祿當即派出密使，下令將俘虜全部就地處死，以震懾叛賊。
覃有勝等見到密使及總兵親筆軍令后，不敢怠慢。馬岱很輕松地說正好俘虜在甕城里，殺起來十分方便；但覃有勝是個很有點官場頭腦的人……幾個月前他就應該去攻打三縣的，當時下令的人是朱勇，不料朱勇很快戰敗；覃有勝怕自己打下了三縣，但官軍新敗增援不力，可能重新丟失，到時候會反被治丟城失地的罪，所以才按兵不動。
這回薛祿又下令他殺俘，軍令當然只能遵守，可是覃有勝又明白，殺俘不僅不是光彩的事，而且真要追究起來是違律法的。大明總有國法鐵律，雖然朝廷可能不會追究屠殺反叛者的責任；但未經司法定罪，擅自殺人總歸是說不清楚。何況就在城里殺俘，影響太壞。
……兩天之后，孔武陽得到官府的命令，讓他把全部將士以總旗為單位，分批離開甕城。孔武陽詢問要去哪里，但沒得到回答。
接下來大約半個時辰就會開城門一次，會有一隊全副武裝的官兵在城外等候，押送一個總旗六十多人的俘虜離開澧州。當天中午，孔武陽隨另一個總旗的人馬離開了，剩下的部將都紛紛向他告別，期待有朝一日能在他鄉重逢再敘生死之交。有個將領強笑道：“若是哪天回去了，孔指揮的小子得認俺做干爹。”孔武陽也回笑道：“就這么說定了。”
在官兵的催促下，孔武陽率領幾十個將領出了城門。剛出城一會兒，又來了一隊官兵，拿著麻繩不由分說就將俘虜全部反綁，又用繩子栓在一起，防止他們單獨逃跑。
他們被押著向東步行，沿大路走了一段距離，然后就被驅趕上了一條小路，幾十個人排成長長的一路。小路前面是澧州東面的一片山林，孔武陽發現路上丟著朱雀軍使用的水袋鐵盔等物，證明之前的人也是走的同一條路；而不是像官府所說，把他們分開收押。孔武陽頓時覺得十分不妙。
他的臉色越來越蒼白，但毫無辦法，手被反綁，周圍有披甲執銳的官兵看著。
行至山林邊上，又見一隊松散的官兵在那里，有的坐在地上啃著干糧喝水，有的冷笑著看著俘虜。孔武陽被驅趕著走進山林，沒一會兒，就看見林子里有個幾個大坑，坑邊的泥土黏糊糊的全是血，鼻子里也聞到了一股讓人作嘔的腥味。眾人頓時嘩然，紛紛停止了前行，想要跑但繩子栓在一起，一時混亂人們不可能一起向一個方向跑，頓時許多人摔倒在地。一小支馬隊很快沖了過來，揚起皮鞭在人群里胡亂揮打，頓時慘叫痛呼不已。
人群已經十分混亂，兩股官兵戒備將六十多人圍在中間，但并不馬上殺他們。很快十幾個官兵出列，一員小將抽出腰刀砍斷了繩子，將分開的十幾個人先鞭打驅趕到一個大坑邊，兇神惡煞地喝令他們跪下；后面站著一排拿刀的官兵，一聲令下，隨即揮起軍刀，向俘虜的后頸砍去，大部分人的腦袋并沒有被砍下來，但幾乎是活不成了，當場鮮血飛濺，人們摔進了土坑里，另一些持長槍的官兵則在坑里胡亂戳了一頓，確保俘虜全部被殺死。
孔武陽很快也被驅趕到了坑邊，他平時受人尊敬，就連皇子張寧和他說話也不會大呼小叫，這時卻被像牲口一樣鞭打，來到坑邊腿上頓時挨了一腳，不得不跪倒在前。他向下一看，里面全是狼藉的尸體，許多死尸大睜著眼睛，泥土和血都攪合在了一起，場面十分恐怖。孔武陽不再掙扎了，他閉上了眼睛，一時說不上是懊悔還是什么感受，最后浮現出了家里尚未成人的小兒，希望他們母子能好好活下去。