而德軍的第二次導彈攻擊也同樣取得了不錯的戰果，又擊沉了4艘美國驅逐艦和1艘美國輕巡，不過這個時候反應過來的美國人也已經派出早已升空的戰斗機群惡狠狠地超他們撲了過來。對此早有準備的德軍指揮官當即命令護航戰斗機攔住敵機，而導彈攻擊則繼續進行
德軍護航戰斗機的飛行員普遍都是身經百戰的老鳥，比起大多沒有經過實戰、至少是海戰考驗的美軍飛行員強了很多，他們經驗上的優勢足以彌補雙方戰斗機數量接近一倍的不小差距，在美軍戰斗機主動放棄了防空炮火保護的情況下，德軍的戰斗機飛行員們個個充滿信心，即使保護轟炸機的任務限制了他們的發揮，但還是在戰斗中打出了接近1：2的交換比，令美軍主帥斯普魯恩斯眉頭深鎖。
雖然敵人十分強大，但是美軍的戰斗機飛行員們還是奮勇戰斗，為了干掉雖然尚未發起攻擊、卻被斯普魯恩斯認為威脅最大的德國轟炸機，他們甚至完全不管德國戰斗機的糾纏而直撲自己認定的目標，很多人都因此被德軍飛機擊落，但也有人成功地干掉了一些德國的轟炸機，但這個時候德軍的導彈攻擊已經徹底撕開了美軍艦隊的外圍防空圈，讓之前被保護在中間的15艘主力艦完全暴露了出來
斯普魯恩斯的判斷沒有錯，德軍的艦載轟炸機因為載彈量大于戰斗機。因此攜帶了一種不同于hs293反艦導彈的大殺器x1無線電遙控炸彈。與有動力助推的hs293反艦導彈不同，x1無線電遙控炸彈是沒有動力的制導炸彈，中部有短小的x型彈翼，尾部有4個用無線電遙控的舵面，可修正下落的彈著點范圍，盡管x1無線電遙控炸彈的靈活性與精度都遜于反艦導彈，可是威力之大卻遠非hs293可以比擬。
x1無線電遙控炸彈全重達到了1570千克，其中戰斗部320千克，為穿甲戰斗部，當其從4000～8000米高空下落后最大時速可達1018.6千米。由此獲得的動能使其可以擊穿世界上任何一種戰列艦的水平裝甲。而航空母艦就更別說了。而且這個時空的x1無線電遙控炸彈一樣加強了抗干擾能力，因此同樣可以多架飛機一起投彈攻擊，實用性因此大大增強了。
三艘尺寸最大、看上去最為顯眼的中途島級巨型航母首當其沖地遭到了攻擊，雖然美軍的近防火炮拼命射擊。但是以二戰時期的小口徑高射炮。想要擊落飛行速度接近音速的滑翔炸彈實在是太難了。結果僅僅第一批次投下的十來枚遙控炸彈就令三艘中途島級航母全都冒出了滾滾濃煙，接下來的第二批次又有六七枚命中了目標，三艘美軍的中途島巨型航母上無不是煙火繚繞。就連斯普魯恩斯也在部下的苦勸下撤離了旗艦以防萬一。
聽著電臺里不斷傳來的歡呼聲，駕機參加第三批次攻擊的超級轟炸機王牌魯德爾看到自己的目標后卻突然心生不安，因為他發現美軍新造的這三艘巨型航母其實艦體并沒有受到根本性的破壞，即使是中彈多達5枚的那艘航母居然也沒有出現明顯的傾斜，很顯然它的傷勢雖重，但距離沉沒還早得很，而德軍這次為了保證有能力攔截美軍的護航戰斗機，轟炸機只派了5個中隊過來，也就是說還能發起三個批次的攻擊，恐怕就算全砸在這三艘巨型航母上，也未必能夠將它們全部擊沉。而且就算能夠全部擊沉這三艘巨型航母，這次海戰也未必能夠贏得了。
因為美國人還有6艘重型航母和2艘輕型航母，而飛機的損失雖大，以美國戰斗機的超遠航程，從冰島、格陵蘭甚至是東海岸緊急轉場到航母上也沒有任何的難度，足以再次對德軍艦隊發起致命的攻擊，而且只要美國的航母還在，這樣的攻擊就不會停歇，現在美國人有了預警機，德國艦隊即使主動避戰，也很難在一兩天時間內擺脫敵人的追擊，而這么長的時間足夠美國人補充幾次艦載機了。在己方已經沉了三艘航母、而且還有一艘航母受傷嚴重、無法再起降飛機而喪失了戰斗力的情況下，公海艦隊的命運令人擔憂。
雖然并不知道美國人同樣也有秘密武器還沒來得及投入戰場，但即使只是自己想到的危險就足以令魯德爾勸說指揮官改變攻擊計劃。魯德爾的勸說不僅僅是動動嘴皮子，他還親自駕機冒險深入可能被敵人高炮擊落的危險空域，靠近一艘依阿華級戰列艦、對它后面的一艘埃塞克斯級發起了攻擊，在魯德爾的操控下，一枚x1無線電遙控炸彈準確地擊中這艘埃塞克斯級航母并鉆進了油庫爆炸引起大火，雖然美軍的損管工作十分出色，但是后來又有一枚遙控炸彈打中了它，火勢由此完全失控，最終引爆彈藥庫而沉入了大西洋
被德軍遙控炸彈擊沉的并不僅僅只有這么一艘航空母艦，埃塞克斯級航母的防御力遠比不上噸位幾乎大了一倍的中途島級，往往12枚x1遙控炸彈就能令其喪失戰斗力，35枚就足以將其徹底擊沉，即使德國人意識到處境的危險后放棄了盡量擊沉美軍航母的打算、而以廢掉美軍航母的飛機起降能力為優先，此役依然有2艘埃塞克斯級航母沉沒，而更不經打的兩艘塞班級輕型航母更是全部沉入了大海。
而幸存下來的6艘航母則全都被不同程度地炸傷，其中即使傷勢最輕的也因為飛行甲板被炸出大洞而沒法讓美軍戰機降落，以致于幸存的美軍飛行員在油料將盡后也只得也只得棄機跳傘等待救援，而斯普魯恩斯原先想好的通過轉場補充飛機和飛行員損耗的計劃就更是只能放棄了，但是他卻并未下令撤退，因為不光德國有秘密武器，美國也一樣有