金銀到手了，運輸方式也有了著落，商毅也不禁大為放心，這時己經到了下午五時左右，各路人馬也都陸續回到皇宮前聚集，只在北京內城的九個城門各留下一個連的士兵守衛。而朱媺娖的那一路人馬也回到了皇宮，她當然沒有找到太子朱慈烺和永王、定王，因為這三個人被李自成帶在軍中，一起去進攻吳三桂去了。
因此朱媺娖也顯得悶悶不樂，而商毅現在還有一大堆事情要處理，也沒有空來安慰她，只是讓她先進皇宮休息，又叫王德化帶人好生伺候。同時也把玉璽交給她保管。
這時北京內城、外城的大順軍基本都己經清剿干凈了，留在北京城中的大順軍將領，牛金星、宋獻策、李錦等人都逃出了北京，高級官員中只有李巖夫妻被擒，說起來也是李巖運氣不好，原來在李自成出征之前，也預料到了后手，因此打算打掠得的金銀運回長安去儲存，而這個工作就交給李巖付責。而李巖備齊了車馬，打算明天就開始起運，今天是專程來清點數量，結果反而被困，做了商毅的俘虜。
在李自成的部下中，李巖在后世是最知名的一個，但其實他在大順軍中的地位并不高，不用說劉宗敏、牛金星，就是宋獻策、田見秀、李過、劉芳亮、顧君恩等人，在大順軍中的地位都比李巖要高，而李巖在歷史上之所以有名，一方面是因為他和紅娘子的愛情故事頗有傳奇色彩，另一方面也是因為他后來被李自成枉殺，死得冤屈。
不過論真實的才干，李巖在李自成軍中，卻絕對是數一數二的，因為和牛金星、宋獻策這些江湖術士不同，李巖是出身于正統的官宦之家，父親李精白曾做過兵部尚書，因此李巖所受的教育、目光、見識都遠在牛金星、宋獻策之流以上。
牛金星、宋獻策只能為李自成送上什么天命、謠語一類的虛語，而是李巖最早勸李自成依靠收取民心來爭奪天下，并編了“迎闖王、不納糧”的歌謠四處傳唱；也是李巖最先勸李自成改變流寇戰術，建立根據地，以為基礎爭奪天下。而且進入北京之后，李巖也是大順軍中少有的還保持清醒頭腦的人，曾力勸李自成不要對明朝的官員逼得太狠了，約束軍紀，保持北京城的穩定。或許就是在這個時候，在李自成的心里，對李巖開始產生隔閡。
但既然現在陰錯陽差，把李巖送到了商毅手里，商毅自然不會放過，打算把李巖收為己用，不僅使李巖避免了慘死的悲劇，而且以后還能派上大用場。當然現在勸降李巖還不是時候，另外商毅還有許多事情要處理，因此先將李巖及其部眾囚禁在一間大屋子里，派兵看守住。
今天是四月二十一日，雖然北京城里的大順軍己經被基本清除干掙，但進入北京的商家軍只有一萬二千多人，根本控制不住北京，而且按另一時空的進程，李自成是在二十六日退回到北京，雖然說大順軍在山海關被清軍擊敗，但人數還是遠在商家軍之上，而且在五月三日，淸軍也會進入北京，因此商毅也不打算在北京城久留，在二十四日、二十五日兩天，就要陸續撤離北京。
進入北京最大的目標己經實現，接下來就是剩下的次要目標，就是人，準確的說，就是工匠。北京是明朝的都城，在這里也聚集了目前中國的各種工匠，這也是商毅正需要的技術人材，由其是火器、火藥的制造工匠。
工匠在四民中的地位很低，僅高于商人，一直不受正統觀念的重視，但商毅卻知道，工匠才是推動著社會生產力進前的主要力量，絕大多數的技術變革、發明創造都是由工匠在長期勞動中創造出來的。在這一方面，北方的游牧民族無論是契丹、女真、蒙古，還是現在的滿淸，反而比漢族更重視工匠，清軍在正式入關之前，發動過五次入關侵掠，每次都要掠走大量人口，充當八旗的包衣奴隸，但每一次都會把工匠篩選出來，另行安置，進行統一的生產，因此滿清的盔用、刀槍武器的質量，都遠在明軍之上。
因此商毅絕不能再把北京的工匠讓給清軍，立刻下令征調城中所有的工匠，由其是火器、火藥工匠、鐵匠、木匠這三種，必須隨商家軍一起撤出北京，當然可以攜帶家屬，而其他工匠則去留自便。
處理完這些事務之后，天色也己經暗了下來，而商毅帶著亞莉桑德拉一起，來到北京宣武門附近的天主教教堂拜會湯若望。而龍華民和湯若望得知以后，也親自到教堂門口，迎接他們。
雖然這一次進京，阿科尼亞沒有跟來，但阿科尼亞一直也和北京的天主教中國總部有聯糸，報告自己在杭州的傳教發展情況，因此天主教會對商毅的情況也基本了解。同時也對杭州分部的發展非常滿意。
而亞莉桑德拉的事情，阿科尼亞也向總部作了報告，不過在這方面湯若望和龍華民之間發生了一些分岐，湯若望的觀點和阿科尼亞一樣，不要拘泥于這些小節，如果商毅真能娶一個信仰天主教，還是歐州人的妻子，對天主教的發展大有益處。而龍華民卻堅持天主教的一夫一妻制度，認為如果亞莉桑德拉和商毅結婚，有違天主教的制度，影響了天主教的純結性。
當然這些也只是兩人在私下的議論，畢竟是一個愿娶一個愿嫁，這場婚姻如果真的要發生了，誰也阻止不了。而且龍華民到底也不是完全不知變通的人，至少在表面上，對商毅和亞莉桑德拉保持著相當尊敬的態度。因為岡薩雷斯家族在西班牙也是很著名的貴族，龍華民和湯若望還在歐州的時候，多少也和岡薩雷斯家族有過一些接觸。
進了教堂之后，商毅和亞莉桑德拉先進行了禱告，然后才到會客室里坐下，湯若望首先道：“商將軍，首先祝賀您收復了大明的首都。”
商毅搖了搖頭，笑道：“神父，我也不瞞您，雖然我收復了北京，但現在的局勢，不允許我長期在這里駐守，因為我已經得到了明確的消息，關外的淸軍，又打算出兵進關，而且這一次，他們不在是掠奪一番然后撤走，而會永久的占領關內的土地，因此我會在幾天之內，馬上撤離北京。”
湯若望和龍華民也都大吃了一驚，不過他們都是在中國生活了幾十年的人，對中國的局勢也十分清楚，對清軍的再次入關也并不感到太意外，只是沒想到清軍這一次是永久占領關內的土地，不過仔細想想，也不是沒有可能的。同時兩人也都想到，如果清軍占領了北京，天主教的命運會怎樣呢？
而且在大明的統治下，天主教在中國的傳教活動出現過一些波折，但總體來說，還算是在向前發展的，并取得了還算是不錯的成果。一但改朝換代，新的統治者還會不會允許天主教生存，誰也說不清楚。
盡管在另一時空里，湯若望和龍華民最終都投降了淸朝，但這兩人現在還是站在明朝的立場看待清朝，畢竟在此前天主教一直都是在明朝的體制內發展，而且清朝一直都是作為明朝的敵對勢力存在，同時之前湯若望還參與了明朝的造炮工程，目標也是為了對付清朝，也可以說天主教還曾與清朝為敵過，因此要說兩人不但心清朝會對天主教不利，那是不可能的。
這時商毅又道：“現在南京正在重新組建朝廷，未來的中國，可能會出現南北對持的局面，你們天主教會幫眀朝也做了不少事情，恐怕清軍攻占北京之后，會加害你們，因此我想請兩位神父，還有北京的所有天主教成員跟我一起撤出北京，到南方去重新建立教會。”
商毅的目地當然不是為了挽救天主教會，而是盡可能切斷清朝入關之后，與歐州的聯糸。更何況湯若望還會指導鑄炮。雖然在另一時空里，湯若望在投降了清朝之后，并沒有參與清朝鑄炮的工作，但那是因為清朝在對南明的軍事行動一直占據主動優勢，還不需要制造大批火器，而一但清朝的軍事受挫，說不定就會啟用湯若望。因為后來在平定三藩之亂的時候，另一位比湯若望稍晚一點的洋和尚南懷仁，就幫助清朝造過各種火炮還有火槍。這也說明現在的清朝，并不是像兩百多年以后那么頑固不化的。
現在南懷仁還沒有到中國來，而商毅當然不能把湯若望留給清朝，因此才提議讓天主教的傳教士跟自已一起離開北京，同時也是斷絕清朝通過傳教士，從歐州獲得新技術的渠道。
聽了商毅的話之后，湯若望和龍華民互相看了一眼，湯若望道：“商將軍，我們感謝您的好意，但這件事情關系重大，請你容我們考慮一下，可以嗎？“
商毅也點了點頭，道：“當然可以，不過現在時間有限，請兩位神父快些決定，最好在明天，能夠給我答復。“