正史中，脫古思貼木兒在大明的持續打擊下，勢力漸漸衰退。特別是在洪武二十一年，大將藍玉帥十五萬大軍偷襲北和林，擒獲脫古思貼木兒嫡系及官員家屬七萬余人。脫古思貼木兒僅僅帶著數十人逃離戰場，投奔了阿里不哥系的也速跌兒。

1388年也速迭兒殺死脫古思帖木兒，自己當上了蒙古大汗，稱卓里克圖汗。也速迭兒是元世祖忽必烈之弟阿里不哥的后裔。阿里不哥曾與忽必烈爭奪皇位，最后失敗。一百多年后阿里不哥的子孫也速迭兒起兵殺死了忽必烈的后代并作了大汗，這在蒙古汗統上是一件大事。因為在此之前，無論蒙古統治階級內部的政治斗爭如何激烈，忽必烈家族的汗權從來沒有動搖過。也速迭兒襲殺脫古思帖木兒這件事表明，隨著蒙古貴族退回草原，社會經濟嚴重衰退，加之對明朝戰爭的失利，統治階級內部的斗爭更加激化了。

但是，耶速迪爾剛即汗位就離開人世；其子恩克卓里克圖繼位時間也同樣很短。1393年，忽必烈系額勒伯克從阿里布哥系恩克卓里克圖手中奪回了汗位，從而結束了耶速迪爾父子稱汗的局面。然而在額勒伯克統治時期，阿里布哥系坤帖木爾舉兵，殺死額勒伯克汗，汗位再次轉到阿里布哥系手中。永樂元年(1403年)，窩闊臺（忽必烈與阿里布哥之叔父）系貴利赤又登上汗位。貴利赤汗的領地在甘肅河西一帶，他為了占據和林，在阿魯臺太師的支持下同衛拉特部巴圖拉(馬哈木)丞相屢次作戰。1403年大敗對方，占據兀魯班答迷河流域，并不斷向東南推進，曾一度控制了哈密，毒殺了明朝所封的忠順王安克帖木兒。不久，貴利赤汗與太師右丞相馬爾哈咱、太傅左丞相也孫臺、太保樞密知院阿魯臺之間產生矛盾。也孫臺被部下殺害，馬爾哈咱往歸衛拉特，阿魯臺遷居海拉爾河，貴利赤汗卻又被部下所殺。

窩闊臺后裔爭奪汗位也絕非偶然。早在至正二十年(1360年)窩闊臺系陽翟王阿魯輝帖木兒就已經向忽必烈系汗位繼承人妥歡帖木兒公開挑戰，阿魯輝帖木兒的舉反雖然很快被鎮壓下去，但窩闊臺系并沒有因此放棄爭奪汗位的斗爭。貴利赤汗的即位，使窩闊臺后裔終于在一時間如愿以償。

1408年(明朝永樂六年)，忽必烈系本雅史里在貴利赤汗舊臣阿魯臺太師支持下即汗位。本雅史里汗即位之前，由于戰亂曾跑到帖木兒帝國避難。帖木兒死后，他離開撒馬爾罕（今烏茲別克斯坦城市）前往蒙兀兒斯坦，1407年在阿魯臺的支持下，回歸蒙古本土即位。蒙古汗位由窩闊臺系手中再次回到忽必烈系手中。本雅史里汗與知院阿魯臺，東面征服了兀良哈，西面控制著河西、哈密等地。衛拉特部馬哈木為了保存自己勢力，支持阿里布哥系德勒伯克即汗位。1415年，馬哈木等又擁立阿里布哥系額色庫即位。1426年(明朝宣德元年)，合撒兒系阿岱在阿魯臺支持下奪取汗位，汗位由阿里布哥系轉移到合撒兒系手中，蒙古皇族內部的斗爭又增添了新的內容，由原先忽必烈系與阿里布哥系、窩闊臺系之間的斗爭，又增加了與合撒兒系的斗爭。

瓦刺。就是蒙元時期的斡亦刺，居住在今蒙古西部和蘇聯境內的薩彥嶺、唐努山一帶，被稱作西蒙古。成吉思汗時被分為四千戶，在明代稱四萬戶。明初統治瓦刺的首領叫猛可帖木兒，他死后，瓦刺由馬哈木、太平、把禿字羅三人分領。當東部蒙古大汗由于遭受明朝的軍事打擊和統治階級內訌而日益衰敗時，戰亂較少的瓦刺乘機崛起，企圖奪取整個蒙古地區的統治權。在這場斗爭中，瓦刺和東蒙古是對立的兩方，而明朝扶此抑彼，起著推波助瀾的作用。

西域諸地。在哈密、赤斤蒙古、沙州等八衛地區，也有不少蒙古族，一些衛的首領由蒙古貴族——元朝宗室后裔擔任。西域諸地位于東西交通要道，與瓦刺、東蒙古、土魯番、明朝都有著密切的政治、經濟、軍事關系，特別是哈密，各方勢力曾為爭奪它而展開長期和激烈的斗爭。

在哈密以西有別失八里(今新疆吉木薩爾縣北，后遷至伊犁河流域，更名亦力把里)和土魯番，其統治者為察合臺后裔，和明朝長期保持著朝貢關系。土魯番向東擴展勢力，曾三次占據哈密，與瓦刺、明朝都發生過戰爭。