永歷四十一年六月之后，瓊海上的空氣便逐漸緊張起來，清軍在高雷廉等地的駐軍一日復一日的增多，各種船只也趁著夜色由珠江口、碣石灣、南澳島次第開向博賀港、雷州灣。到了九月上旬，清軍在雷瓊海峽北側的駐軍已經達到五萬，水師船只也超過一百五十余條，可以說進攻的準備已經接近完成。
不過鑒于約定實施護航任務的葡萄牙船尚未到來，自詡無力跟鄭軍在海上硬拼的傅魁采取龜縮戰術，將廣東水師所有船只悉數安頓在以南三島、東山島為遮蔽的通明海沿岸，以期籍此躲避鄭軍可能對其實施的毀滅性打擊。
清軍退入內海淺灘固然使得鄭軍主力夾板炮船無法對其進行打擊，但清軍拱手讓出制海權的作法也使得鄭軍可以輕易的掌握其動向。鄭軍快速艦隊瓊州分艦隊的通報船甚至一度深入雷州灣對清軍沿海各砦抵近偵查，使得清軍上下士氣沮喪。
好在這種忍氣吞聲的日子很快就過去了，九月二十一日，三大一小四條葡萄牙武裝商船駛入硇洲水道，停泊在東山島以南海面。得到強助的清軍立刻驅使葡萄牙人封閉雷州灣、驅離鄭軍偵查船。葡萄牙人便出動兩艘大船在海口內巡航，其數目重多的炮口的確遏止了鄭軍通報船的行動，不過葡萄牙人并非一心一意配合清軍的行動，因此對于傅魁下達的攻擊指令虛以應付，只是將鄭軍通報船趕出海口了事。鄭軍雖然不能像之前一樣輕易駛入雷州灣，但依舊能在海灣之外游弋，并不妨礙對清軍動向的偵查。
對于葡萄牙人的陽奉陰違，傅魁和郎伊達無可奈何，只好派人跟葡萄牙人協商提前進攻。前來雷州灣協助清軍登陸的四艘葡萄牙船中除了一艘小型軍用蓋倫外其余三艘大型克拉克船其實分屬于各家船主及商館所有，其之所以擱置了正常的商業活來到雷州灣正是因為粵省的最后通牒，如今聽聞清軍有意提前軍事行動自然滿心歡喜，于是雙方約定于九月二十四日清早即實施南下登陸的行動。
九月二十四日，清軍在天不亮的時候就登船出海，但是二萬余人的登陸船團還是花了近二個時辰才整理好隊形，慢慢駛出雷州灣。由于葡萄牙船已經提前封鎖了海口，鄭軍的通報船并不能了解清軍的真實動向，但隨著大隊船只的駛出，一切已經不再是秘密了。
清軍一路南下，剛剛駛過外羅水道進入瓊海之時，鄭軍快速艦隊瓊州分艦隊所屬鹽水溪、大排港、竹筏港等三艘三千料雙桅炮船已經在新任統領顏道及的率領下殺將過來。見到鄭軍來勢洶洶，四艘葡萄牙船擺脫緩慢的清軍船團迎擊了過去，盡管只有一艘是軍用蓋倫，但大型克拉克船高達千噸的載荷和船上單舷近三十門的火數量遠高出鄭軍雙桅炮船甚多，因此一頓示威大于實效的炮擊之后，鄭軍被迫調頭而去。
示威成功的葡萄牙人忽然記起了玫瑰夫人號的遭遇，于是得勢不饒人的猛追了下去，就這樣他們便與清軍船團之間產生了脫節。趁著這個難得的機會，再在外圍尋找機會的飛犀、飛熊、飛星三船在譚安分統的率領下自海安灣的方向殺出，直薄清軍大隊。清軍只看見鄭軍水師在葡萄牙人近乎表演的攻擊下狼狽而逃，便以為鄭軍不過爾爾，十幾條戰船遂脫離陣位沖了出來，卻被鄭軍用側舷炮火好好的修理了一番。
正當突前的六條清軍戰船冒著濃濃的黑煙沉入大海之際，正當鄭軍炮船甩開其余幾條笨拙的清軍戰船進一步逼近清軍主力船團之時，聽到后方傳來炮聲的葡萄牙人在自覺無法追上靈巧的顏道及一行后折返了回來，將將從毀滅的邊緣救下了傅魁一行，饒是這樣，清軍還是又付出了四條運輸船中彈起火和一身冷汗的代價。
見到清軍的損失，明白自己中了聲東擊西知己的葡萄牙人接下來也學乖了，此后無論鄭軍如何引誘也不再脫離船團過遠。由于瓊海之間的距離實在過短，因此兩次游擊不成之后，鄭軍水師只能眼睜睜的看著清軍靠上了瓊州。
自付死里逃生的清軍一窩蜂的靠上瓊州海岸，混亂的情況讓郎伊達花了足足半天的功夫整隊，期間郎伊達還甚為擔心鄭軍會趁機攻擊，然而鄭軍的主力已經悉數南撤回了萬州一線，因此郎伊達才得以僥幸重整起部隊。
且不說何傅回程的途中還將遭到鄭軍水師的襲擾，就說郎伊達糾集著一萬九千余人分路而進，一邊派人收復了已經拆成廢墟的白沙水寨，一邊緩步靠近瓊州府城。然而大隊才行進了十里，前方的探馬就來報告，已經收復了瓊州府城。
聞訊又驚又喜的郎伊達一面派人向尚未返航的傅魁送去報捷文書，一面派出更多的探馬四下打探。許是從鄭軍撤軍中品咂到什么，各地縣城中未被鄭軍遣走的士紳簞食漿壺迎接所謂的王師，而個別被明鄭委任的地方知縣及守備也紛紛宣布反正，就這樣，到了十月初三，已經有瓊州（附郭的瓊山）及文昌、安定、澄邁、臨高諸縣回到了清廷的統治之下。
鑒于逐日登陸的清軍已經高達四萬之多，鄭軍水師于十月初五正式決定終止在瓊海上的封鎖任務。十月初九，已經多日沒有遇到鄭軍襲擾的葡萄牙人出于早日恢復正常貿易早日賺取應得的金錢的目的向清軍方面提出了終止護航的請求。
郎伊達和傅魁自然不愿意葡萄牙人此時便撒手撤出可，于是斷然否定了葡萄牙人的請求。又過了三天，忍無可忍的葡萄牙人選擇了不告而別，為此雙方打起來官司，順水推舟的吳興祚據此還撕毀了之前跟葡萄牙人達成的惠利協議，讓敢怒不敢言的澳門葡萄牙方面對清廷的蠻橫產生了極大的憤怒。
但葡萄牙人的事情到此還不算完。瓊海事了后，四艘葡萄牙武裝商船中的兩艘克拉克船和一艘蓋倫船返回了澳門，另一艘克拉克船卻僅直去了廣南的會安，結果正好被撤往金蘭的鄭軍快速艦隊所撞見，雙方在會同外海一陣亂戰，鄭軍以一艘沉沒、兩艘起火、七十七名官兵傷亡的代價當著廣南人的面奪取了這艘克拉克船，消息傳到澳門，澳門評議會如喪考毗，部分商人開始通過英國人向明鄭方面提出了和解的請求。
按下離心離德的葡萄牙人不說，清軍于十月初八接收了儋州，但郎伊達的腳步卻就此停了下來，一方面鄭軍大肆掠奪人口造成瓊州田園荒蕪，清軍糧秣必須指望粵省轉運，另一方面齊聚瓊州府城的剩余鄉紳也是郎伊達急于解決的對象。
十月十三日，郎伊達以資寇、通逆的名義抓捕瓊山、臨高、澄邁、文昌、安定等地瓊北士紳一千一百戶并五千六百余口。還搞不清清軍目的的士紳們紛紛提出以家財勞軍的方式償贖“己罪”，但郎伊達卻六親不認，一場來自“圣君明主”這邊的屠殺便就此落到了某些甘心“貝勒爺”奴婢的漢奸頭上。
十月十四日，得到補給并完成瓊北“清剿”后的清軍再度南進，于東線先后奪回了會同、樂會兩縣，重新逼近鄭軍在萬泉河一線的防線。
此時瓊北“清剿”的真實消息還沒有傳到瓊西、瓊南，因此昌化、感恩兩縣也先后叛離明鄭的控制區，到了十月十七日，鄭軍已經只保有萬泉河至寧遠河之間的沿海地區。
十月二十日，清軍四萬屯兵萬泉河北，但是郎伊達多了一個心眼并沒有直接寇關，反而借著自己兵多，兵分兩路，自萬泉河上游迂回，直逼萬州而去，至于鄭軍關于戰爭的設想全數落空，不得不提前撤出萬州、陵水、崖州一線人員。
十月三十日，清軍進入萬州州城，同日，鄭軍在萬泉河沿線所部開始撤退。
鄭軍的撤退自然驚動了清軍，郎伊達也想要實打實的軍功，所以當即驅使所部對沿線各處堡砦實施總攻，但清軍的攻擊卻遭到了當初何傅所部一樣的遭遇，各處堡砦下積尸如山，郎伊達被迫終止了以頭撞墻的愚行。
由此，趁著夜色，鄭軍陸續撤出各砦堡的守軍，十一月初一，清軍在驚天動地的爆炸聲中被驚醒，此時才發覺，鄭軍已經自行摧毀了各處堡砦，登船離開瓊州，徑直返回了東寧。撿了大便宜的郎伊達不得不以若干鄭軍來不及撤出的旗幟作為冒領軍功的憑證向廣東報捷，至此，鄭軍在瓊州哨以上建制的抵抗已經不復存在了。
盡管鄭軍的主力已經悉數撤走，但利用瓊州漫長的海岸線，鄭軍還以小股部隊活躍在清軍糧道之上，迫使清軍不斷加強對后方運輸的護衛。當然，這一切都是回光返照了，十一月初八，清軍進入陵水，十一月十四日，清軍進入崖州，至此整個瓊州已經落到了清軍的手中，無以騰挪的鄭軍小部被迫撤出，這就是康熙二十六年的“瓊州大捷”。