萬歷二十三年，宣祖冊封光海君為世子，并上表明朝請求批準。明朝答復：“繼統大義，長幼定分，不宜僭差”，遂不許。光海君由是對明朝暗有怨言。
萬歷二十四年、三十三年，朝鮮再次上表請求易儲，其時明朝也正為立儲的事情鬧得雞飛狗跳，遂均不許——似乎光海君是受了鄭貴妃和福王的連累。
宣祖末年，朝鮮國內在立儲問題上也發生了激烈的爭吵，因為當時宣祖仁穆王后已經生有子（永昌大君，606年生），棄嫡立庶，與儒家宗法觀念不合。
朝廷中的北人黨因此分裂為以李爾瞻為首、主張擁立光海君的大北派和柳永慶為首、主張擁立嫡子的小北派。小北派在光海君即位后受到打擊，柳永慶被賜死，小北派分裂成清小北和濁小北，而大北派則又分裂成骨北、肉北和中北三派。
萬歷三十六年，宣祖大王病逝。事實上的世子光海君嗣位，并上表明朝，自稱權署國事，請求冊封。
萬歷皇帝惡其專擅，不予理睬。但是當時東北亞的國際形勢已經發生了變化，新興的女真勢力對明朝構成了威脅。
為了確保東北邊疆無虞，需要拉攏朝鮮，所以明朝在拖延了幾個月之后，于是年十月乃冊封李琿為朝鮮國王。
光海君從被立為世子到登基的4年間，明廷5次拒絕冊封光海君（當時明廷也出現了與立儲有關的爭執。明神宗偏愛第三子朱常洵，欲立為太子，以禮部為首的滿朝文武強烈反對。
最后，在60年，明神宗辨不過內閣，只好立長子朱常洛（即明光宗）為太子。因此，明朝禮部多次以非長子為由拒封光海君，堅持立長不立幼的立場），這在朝鮮歷史上史無前例，令光海君顏面盡失。
繼位后，大明禮部仍拒絕冊封光海君為朝鮮王。
在禮部的詢問下，使臣李好閔聲稱臨海君患有精神疾病，自愿讓位于光海君，禮部于是派遣了兩名使臣親自前往漢陽拜訪臨海君求證。
朝鮮使用大量白銀賄賂了使臣，終使禮部同意冊封。609年，敕使入漢陽，正式冊封光海君為朝鮮王。
明廷的態度對光海君來說無疑是奇恥大辱，除了讓光海君對大明心存芥蒂（致使日后不愿意出兵相助），更進步加讓光海君意識到只要臨海君在世日，自己的王位便坐不安穩，因此，臨海君是非死不可。
李琿即位后，按照朝鮮仁祖后史書的說法，是“昏亂日甚，幽廢母后，屠兄殺弟”。從事實來看，后兩條倒也確實。
光海君即位后，宣布仁穆王后為廢妃，囚禁在西宮（慶云宮）內，自己則搬到新修復的昌德宮（東闕）去住。
而對其王位威脅最大的兩個人——其同母兄、宣祖長子臨海君，和年僅兩歲的弟弟，宣祖嫡子永昌大君，則分別于609年和64年被害。
李琿即位后不久，即有三司官員彈劾臨海君。雖然光海君表示不忍，但是就在同天，光海君未經推鞠審問，便采納三司（即弘文館、司憲府、司諫院）的提議，以私藏軍器、陰養死士、在宣祖殯天當日密謀出兵篡位、私協武器入宮等四條逆反罪名將臨海君流放，關押圍籬。官員們沒有對此提出異議，雖然此事由北人打頭，但是南人和西人也不約而同地支持除去臨海君。
之后，不斷有上疏要求處死臨海君，光海君沒有首肯。609年，臨海君被流放地守衛李廷彪殺死。表面雖傷心欲絕，光海君卻沒有下令追查，也沒有懲罰李廷彪，只讓其呈上份報告書。光海君為了避免背負殺兄的道德污點，以甸人殺害（指示守衛或地方官員秘密將流放的罪人處死，指示人通常為在位者，以此避免公開處死想要除去的人，保證自己公義正直的形象）的方式秘密處死了臨海君。
七庶獄事發生在63年4月，故亦可稱癸丑獄事，群西人黨名門后裔（頭目包括：故相樸淳之庶子樸應犀；故牧使徐益之庶子徐羊甲；故監司沈銓之庶子沈友英；故副相樸忠侃之嫡子樸致毅；西人黨名儒金長生之庶弟金慶孫；故判書金睟之嫡孫金斐）以搶劫和謀殺的罪名被捕，其中人坦誠欲擁立永昌大君篡位，引發黨爭，牽連無數，連仁穆大妃也被牽扯其中。名被供出的高官樸東亮招供：宣祖病重時，仁穆大妃殿中宮女對懿仁王后之像施展巫術，以求延續宣祖之命（《光海君日記》的編寫者亦有澄清，被詛咒之人其實乃光海君生母金氏）。經過番推鞠審問，犯人供出陰謀的策劃者乃仁穆大妃的父親金悌男，并企圖擁立永昌大君為王。如光海君所愿，有人開始要求光嚴懲永昌大君與仁穆大妃。此時，朝廷卻為了是否該懲處永昌大君和仁穆大妃而分裂成了支持與反對的兩大派。后來由于光海君治罪言官嚴惺，事件發展為群臣與光海君之間的矛盾。在清洗了整個臺諫（包括大司諫和大司憲，新任大司諫和大司憲分別是宋淳和李沖，皆為大北黨）后，光海君終于壓制了臺諫的反抗之聲，從63年7月之后的7個月中，再沒有人對此上疏。新任臺諫獻媚，主張嚴懲永昌大君，光海君借勢下旨將其流放江華島，以圍籬關押。礙于稚子無辜，若公然鏟除永昌大君只會顯得光海君不仁不義，因此64年，光海君再次采取甸人殺害的手段，指使江華府史鄭沆謀殺了永昌大君，逆反主謀金悌男也被處決。
這樣的朝鮮國王對于大明朝來說并不是件好事。
雖然目前兩國邦交尚好，可以是他自己的軍事力量值顯強，才能讓朝鮮改變了以前的態度。
現在朝鮮國兩股勢力送來了兩位翁主。這也是當他朱由校是個好色之徒嗎？以為送美女前來和親就能讓自己改變對朝鮮的態度，這絕無可能。
別說自己現在只鐘情于皇后李甜，就算是有兩位美女，他也絕不可能把國家大事與兒女私情上相混淆。