同治七年十一月，上海巡撫李鴻章升任浙閩總督，上海巡撫空缺，恭親王提請沈桂芬入直軍機，太后不許，“軍機處類比前朝內閣，雖無宰相一職，卻有宰相之實，號令百官，調理陰陽，沈桂芬雖然有大才，可畢竟才一任巡撫，若是驟然升遷，恐生物議，不如先至上海，擔任巡撫，洋務差事磨練久了，自然可簡拔入京，再擔任要職。”恭親王愿意屬沈桂芬任工部尚書，進而入直軍機，聽太后一說，到是也覺得可以，于是同治七年十二月，上旨，沈桂芬任為上海巡撫，沒幾日就南下赴任去了。
李鴻章感激涕零，今年不過是四十五歲的年紀，就已經擔任了總督一職，總督的級別還在尚書之上，乃是從一品的大臣，若是將來入京，也只能是入直軍機才能匹配的上，離京朝見的時候，太后密旨讓李鴻章準備籌辦南洋水師事宜，李鴻章應諾。
同治八年三月，直隸總督官文入京任武英殿大學士，兼任滿工部尚書，工部漢尚書太后原本屬意胡林翼，胡林翼堅辭不就，恭親王也一力反對，所以暫時空缺，之后，由左都御史譚亭襄接任，同樣也加了大學士的銜,左都御史由右都御史董元醇繼任。
四月，安徽巡撫江忠源調入京中擔任兵部尚書。
五月，命文華殿大學士胡林翼入直軍機，“參贊政務”。張之洞出任漢陽知府，籌辦漢陽鐵廠。
九月，曾國荃署理四川總督，李鴻章之兄李翰章出任貴州巡撫。劉坤一任兩廣總督。金州將軍金寶覲見。太后嘉許，升任甘肅巡撫，參贊西北軍務。
太后恭親王多用漢人，且泰半湘人，八旗上下怨言頗多。太后聽聞笑道：“這還不簡單？”命軍機處下旨，于河南山東兩省新設“中原總督”，由御前大臣，統領侍衛大臣、滿洲鑲黃旗都統左丹梅出任，又增設理教院，統領天下宗教。管僧尼道會等人。增設教育部，統管教育、學校、學生之事；恰逢京師講武堂建成，又命旗人少年，“不進科舉，或是不入講武堂者。不得授六品以上之官位。”官文隨即也入直軍機，只是官文頗為驕傲，素來是目下無人，和恭親王也不算和睦，入了軍機也是添亂居多。如此以來，新設立了從一品大員一位，正二品大員兩位，從三品以下無數。安置了不少人。同治八年之后，吏改官制度推廣至兩江、浙閩、兩廣、天津七省。
西疆之事，白蓮教等教入新疆傳教。改變新疆伊斯蘭教一家獨大的局面，諸教爭鳴，再加上科舉教育取人之功，將諸部和朝廷的聯系加緊了，阿古柏聲勢日益頹廢，終于同治八年十月。攻破喀什，宣告阿古柏之亂平定。阿古柏只身逃往布魯特部，被浩罕國主擒住。親自獻到喀什的左宗棠大營，左宗棠大聲呵斥浩罕國主，命其押送阿古柏入京朝見，并上書朝廷，要求與俄羅斯議定西北邊境，吏部趁機在新疆設立布政使司二，府十二，縣九十六，不以收稅為責，、只以教化之功為主。兵部設提督二、總兵四、將軍九。只是英俄兩國不甘失敗，又在暗地里策劃什么。
外蒙古設庫倫、烏里雅蘇臺、烏梁海三宣慰使以及屬官，由中央派遣流官，并設置司法官，多用滿蒙漢八旗之官，不干涉蒙古諸部內政，借著平定阿古柏之威，諸部不敢妄為，理藩院制定《內外藩條例》，就內藩、外藩的權利義務進行了規定，內藩限制約束甚多，不如不得自建一國，只可稱汗，不得稱國主等，可優惠條款也多，官道、交易等都是諸部需要的，于是，新疆青海蒙古諸部漸次安定，自此西北無礙，左宗棠得此邊防軍功，堪比平定洪楊之亂，禮部商定，封一等公，封號“肅勇”，遞等襲爵三代，這爵位已經在曾國藩之上了，堪稱漢人大臣第一。只是新疆雖平，可到底還是不甚大治，仍命其擔任新疆總督一職在，只命十二鎮大軍凱歌還朝。
西苑紫光閣。
如今已經是十一月的時候，初冬下了一場小雪，空氣之中干燥又多了不少寒冷，西苑本來就多梅花，早梅幾株已經隱隱浮動暗香，一大早，御膳房和尚膳監還有鴻臚寺的人就都忙乎開了，宮人侍衛蘇拉都一應忙乎開，鴻臚寺的一個四品官員事無巨細親自在紫光閣里頭看了又看，把幾個寶座看了又看，又會同御膳房總管太監，盯著餐具的擺放，又拿了片子出來仔細看看，對著總管太監說道：“今個賜宴，浩罕國主也在，這倒是不能馬虎，失了天朝的氣派威嚴，為的是浩罕國主信奉回教，一應豬肉的菜都不能上了。”
總管太監稱是，隨即說道：“已經吩咐御膳房了，今日用的都是新鍋子，但是聽說他們是不喝酒的，這賜宴，若是沒酒，怕是？”
“不上豬肉菜已經是仁至義盡了，”那個官員不在乎的擺擺手，“已經是很是照顧他，他若是不喝酒，不喝就是，放著就行。今個可是皇上親自來的，軍機大臣都要到，理藩院、理教院尚書也要來，差不多是半個朝會了，咱們自己有功之臣要多多照應好就是，這浩罕國主，嘿嘿，指不定還會怎么樣呢。”
“難不成要廢浩罕嗎？”那個太監奇道。
“那倒不會，親自獻了阿古柏進京，多少不能動手，這禮數在著呢，只是免不了要敲打一番了。”說到這里，鴻臚寺卿惠征到了，幾個管事太監和內務府官員上前迎接，惠征雖然官位不顯，但是母后皇太后的父親，當今圣上的外祖父，乃是正牌子的國丈，他素來性子也溫和，所以眾人都愿意尊敬他，惠征到了閣內，看了看布置，又問了幾下，點點頭，“時候差不多了，咱們出去等著吧。”
幾個人出了紫光閣，在外頭排成了兩排，過了半個時辰，新疆平叛諸將，如武云迪、楊樹聲、榮祿等功臣已經到了，他們先進紫光閣，按照班次坐下，其余人又排班等候，再過一盞茶的時候，絲竹之聲響起，浩罕國主駕到，又過了一會，才是皇帝的御駕，皇帝坐著轎輦，穿著石青色的朝服，笑盈盈的看著眾人，新疆平定，又是臨近新年，雙喜臨門，皇帝自然是意氣風發，皇帝到了閣前下轎，見到惠征又說了幾句話，桂祥也穿著朝服伺候在御前，一干人進了紫光閣，眾人山呼萬歲，皇帝到了寶座前叫眾人平身，“今個得到了好消息，左宗棠已經和俄羅斯人議定好了西北邊界，如此以來，新疆可得安寧，國主，”同治皇帝看著浩罕國主，“你既然為天朝藩屬，自然要守衛邊疆，盡藩屬之責，上敬天朝，下安百姓。”
浩罕國主又連忙站起來，右手撫胸行禮稱是，說了一簍子的恭維話，皇帝也只是笑吟吟的聽了，擺擺手，請浩罕國主坐下，“開宴吧。”
酒過三巡，菜已經上的差不多了，皇帝也有些倦了，看著殿內之人有些拘謹，就站了起來，讓大家繼續，自己先返宮，眾人站起來準備恭送皇帝，皇帝走出寶座，走到武云迪的跟前，笑道：“姨丈身子可好？聽說在土爾扈特部生了大病。”
“多謝皇上掛念，奴才的身子已經全好了。”武云迪回答道。
“那就好，”皇帝笑瞇瞇的說道，桂祥跟在后頭，對著武云迪說道，“姐夫已經一個人太久了，如今得勝回來，”桂祥看了看皇帝的臉色，“該是再娶妻成家了。”(